自己捅咕了几天，不知道怎么的就实现了。将所有改过的地方全部删掉，服务器也能正确识别.vtt文件了。

系统： ubuntu
服务器： apache2

曾修改过
/etc/mime.types并重新启动电脑

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text/vtt  vtt

修改了/etc/apache2/mods-aailable/mime.conf 并重新启动apache

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AddType text/vtt  .vtt

修改了/etc/apache2/sites-available/000-default.conf 并重新启动apache

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AddType text/vtt  .vtt

最最主要的，不要马上去测试，过个1个小时，你再打开IE，错误提示消失了